Страна разделена на две части малайским штатом Саравак, который полностью окружает страну, оставляя только береговую линию на севере.

Средняя высота над уровнем моря 478 метров. Общая площадь 5765 км².

Протяжность границы с Малайзией 481 км, береговая линия Южно-Китайского моря — 161 км.

Рельеф страны низменный, за исключением южных частей страны, где рельеф гористый с максимальной высотой 1850 м (гора Букит-Пагон).

Бруней расположен в Юго-Восточной Азии, на северо-западном берегу острова Калимантан и состоит из двух отдельных областей, разделенных приблизительно 30-километровым участком Малазийской территории.

На севере омывается Южно-Китайским морем.

Морское побережье неоднородно, на северо-востоке находится Брунейский залив со множеством островов, на западе преобладает песчаный пологий берег.