Мировой водораздел делит М. на две различные по своей природе области — северную, которая по природным условиям является продолжением восточносибирских ландшафтов, и южную, относящуюся к пустынным и полупустынным районам Центральной Азии. Пустыни занимают сравнительно небольшую территорию М., что объясняется её высоким расположением над уровнем моря.

Горы занимают более 40% общей площади М. Большая часть территории страны находится на высоте 1000—3000 м.

На западе и северо-западе страны — Монгольский Алтай (высота до 4362 м), Гобийский Алтай, Хангай, на востоке и юго-востоке — равнины Гоби (высота 1000—2000 м). Преобладают степи: на юге полупустыни и пустыни, в горах местами лесостепи и хвойные леса.

В М. имеется более 800 месторождений 80 видов полезных ископаемых, из них почти 600, где имеются более 8000 выходов руды, в т.ч. золота, меди и молибдена, свинца, олова, вольфрама, железа, урана, серебра, магнезита талька, слюды, алебастра, асбеста, графита, битума, каменного и бурого угля, селитры, фосфорита, плавикового шпата, полудрагоценных камней, хрусталя, строительных материалов.

На 70% месторождений ведётся разведка и оценка запасов полезных ископаемых. В центральной зоне месторождения «Оую толгой» (Южногобийский аймак) выявлены мощные пласты породы, содержащей до 3,5% меди и до 0,40 г золота на тонну.

В западной зоне месторождения установлены запасы золотого и медного оруднения порфирного вида в 821 млн т, содержащих более 390 т золота и 3,5 млн т меди.

По природным условиям М. можно разделить на четыре географические зоны: лесостепную, степную, полупустынную и пустынную.

В первых двух зонах наибольшее распространение получили различные каштановые почвы, составляющие почти 60% всех почв страны. Для полупустынной и пустынной зон характерны бурые малогумусные почвы со значительным распространением солончаков, а также песков.

Климат сухой, резкоконтинентальный.

Главные реки: Селенга, Керулен, Онон, Орхон. Крупные озёра: Убсу-Нур, Хубсугул.

На территории М. встречаются растения нескольких тысяч видов; св. 500 видов являются ценным лекарственным сырьём.

Насчитывается около 130 видов млекопитающих, св. 360 видов пернатых, 70 видов рыб; многие виды являются редкими.