Лютеранство – религия почти 10% литовцев (на западе) и большинства латышей. Евангелистская лютеранская церковь имеет консисторию в Таураге и 33 конгрегации.

Кроме того, в стране 8 конгрегаций евангелистской реформаторской (кальвинистской) церкви, которая управляется консисторией в Биржае.

Русская православная церковь имеет 45 приходов, принадлежащих Вильнюсской и Литовской епархиям. Имеется 51 приход русских староверов, руководимых советом в Вильнюсе.

Кроме того, существует несколько конгрегаций других протестантских вероисповеданий, один приход униатов, один еврейский караимский приход и 4 мусульманских прихода.

В 1991 началось возрождение религиозной деятельности. Растет притягательность многих современных (новых и главным образом евангелистских) конгрегаций, религиозное обучение включается в программы государственных школ, ведутся дискуссии о возвращении собственности, которая принадлежала церкви до 1940.