Большая часть рек Словении принадлежат бассейну Дуная.

Крупнейшая из них, река Сава начинается в Юлийских Альпах от слияния рек Сава Долинка и Сава Бохинька и пересекает страну с северо-запада на юго-восток, по её долине проходит железная дорога в Загреб и Белград.

К бассейну Савы относятся реки Крка, Колпа (Купа) и Любляница, на которой стоит столица страны.

По восточным районам Словении протекают реки Драва (исток в австрийской земле Каринтия) и её притоки — Мура (исток в австрийской земле Штирия), Дравиня и др.

К бассейну Адриатического моря принадлежит река Соча (с притоком Випава), которая начинается у горы Триглав и протекает по западной конечности страны, а также река Река, проложившая часть своего русла под плато Крас.

Реки Словении непригодны для судоходства, но используется в целях гидроэнергетики (возведены каскады ГЭС).

Озёра Словении преимущественно горные, ледниковые — Бохинское озеро (крупнейшее из постоянных озёр), Бледское озеро и Триглавские озёра, также имеются карстовые водоёмы, например Дикое озеро и исчезающее озеро Церкница.