В окрестностях реки Парагвай (которая протекает параллельно восточной граница Боливии и является частью бассейна Ла Платы) есть несколько мелких озер,из которых самые большие Какерез,Мандиоре.Севернее располагаются большие болота Харайес.Эта область ,как и северо-восток подвержена наводнениям в течения летнего периода.

Третья водная система располагается в Альтиплано это является самым большим регионом внутренних вод Южной Америки.Здесь расположено одно из самых высокогорных озер озеро Тикикака.Из него вытекает река Десагуадеро; озеро Поопо,в которое впадает эта река.Также в Альтиплано находятся мелководные соленые озера.

Водная система Боливии не имеет выхода к морю и поэтому вся лишняя жидкость интенсивно испаряется и поглощается сухими почвами.

Озеро Титикака занимает ~8500 квадратных километров.Это самое большое высокогорное озеро в Южной Америке.Оно расположено на высоте ~12500 (3,810 км.) футов и имеет 120 миль в длину и не более 50 миль в ширину.Его максимальная глубина более чем 900 футов (~300 метров).На поверхности озера много островов.Озеро пресноводное. Озеро Поопо,в отличие от Титикака,соленое и мелководное.